Trotz der Verwendung von biogenen Rohstoffen ist es auch im Rahmen einer Bioökonomie notwendig, die Umweltauswirkungen des ökonomischen Handelns stets zu hinterfragen und dieses fortwährend unter Nachhaltigkeitsaspekten zu überprüfen. Es gibt keine allgemeingültige Definition von Nachhaltigkeit, allerdings wird in diesem Zusammenhang oft der sogenannte Brundtland-Bericht der Vereinten Nationen (UN) aus dem Jahr 1987 mit dem Titel Our Common Future zitiert, in dem eine nachhaltige Entwicklung wie folgt definiert wird: Eine nachhaltige Entwicklung ist eine Entwicklung, die die Bedürfnisse der Gegenwart erfüllt, ohne die Möglichkeiten zukünftiger Generationen einzuschränken, ihre eigenen Bedürfnisse zu erfüllen. (United Nations 1987)

Um die negativen Auswirkungen des wirtschaftlichen Handelns von Unternehmen auf die Umwelt so weit wie möglich zu reduzieren und so eine nachhaltige Unternehmenspolitik zu unterstützen, gibt es das sogenannte Umweltmanagement. Dies kann sowohl in Unternehmen der Bioökonomie, als auch in konventionellen Unternehmen, Organisationen und Vereinen eingesetzt werden. Das grundlegende Prinzip hinter dem Umweltmanagement ist das PDCA‑Modell (Abkürzung aus dem Englischen: Plan-Do-Check-Act). Dieses Modell beschreibt einen Kreislauf, welchen die Unternehmen zur Verbesserung ihres ökologischen Fußabdruckes durchlaufen können. Nach einer Selbstverpflichtung des Unternehmens, eine Umweltpolitik in die Unternehmensstruktur zu integrieren, werden zunächst Maßnahmen identifiziert und geplant, welche zu einer Verbesserung der IST‑Situation im Unternehmen führen können (Plan bzw. Planung). Im zweiten Schritt werden diese Maßnahmen durchgeführt und in die Unternehmensstruktur integriert (Do bzw. Verwirklichung und Betrieb). Im nächsten Schritt wird der Erfolg dieser Maßnahmen überprüft, um festzustellen, ob der geplante SOLL‑Zustand erreicht worden ist (Check bzw. Überprüfung und Managementbewertung). Falls das gesteckte Ziel nicht erreicht wurde, wird im letzten Schritt eine Anpassung bzw. Verbesserung dieser Maßnahmen durchgeführt (Act bzw. ständige Verbesserung). Dadurch kann eine Reduzierung der negativen Umweltauswirkungen und eine Verbesserung der Nachhaltigkeit eines Unternehmens erreicht werden. Dieses Prinzip ist anschaulich in folgender Graphik dargestellt: