Nach dem Verlassen des Vergasers muss das Produktgas gereinigt (purified) und aufbereitet (conditioned) werden. Durch die Reinigung werden Stoffe entfernt, die nachgeschaltete Prozesse negativ beeinflussen. Denn insbesondere Katalysatoren sind sehr empfindlich gegenüber geringen Mengen an Schwefel, Halogenen, Stickstoffkomponenten, Metallen, Staub und organischen Verbindungen.

Partikel können mit Hilfe von Zyklonen, Sperrfiltern, Elektrofiltern oder Wäschern aus dem Gas entfernt werden.
Teere oder Kohlenwasserstoffe (Methan, Ethylen, Benzol und Toluol) können z.B. bei Temperaturen über 1000°C oder mit Hilfe von Katalysatoren entfernt werden. In Flugstromvergasern werden alle organischen Bestandteile während des Prozesses thermisch abgebaut.

Anorganische Bestandteile wie Schwefel können durch Nasswäsche (Absorption durch physikalische, chemische oder feste Lösungsmittel - z.B. Rectisol, Amine oder Zinkoxid) entfernt werden.

Durch Konditionierung werden unerwünschte Gaskomponenten wie CO₂ entfernt und Gaskomponenten (z.B. H₂) auf die gewünschten Verhältnisse eingestellt. Nach Abschluss der Reinigung und Aufbereitung ist das Synthesegas bereit für die Verflüssigung.